最近 pathogen.vim が流行っているようです。
これは ~/.vim/bundle 以下にプラグインをディレクトリ毎にインストールできるようにするものなんだけど、実は runtimepath にはワイルドカードが使えるので、複雑なことをしない場合は以下の 1 行で目的を達成できたりします。
set runtimepath& runtimepath^=~/.vim/bundle/* runtimepath+=~/.vim/bundle/*/after
pathogen なんて最初からいらんかったんや!
…いや、若干動作が違うし pathogen だと無視するディレクトリが指定できたり helptags ができたりするので、素直に pathogen 使えばいいと思うよ。